Doanh nghiệp có vốn đầu tư nước ngoài (FDI) ở Việt Nam gần như tháng nào cũng chạm tới bốn loại thuế: thuế giá trị gia tăng (GTGT) trên hàng hoá, dịch vụ bán ra; thuế thu nhập cá nhân (TNCN) khấu trừ của người lao động; thuế thu nhập doanh nghiệp (TNDN) trên lợi nhuận; và thuế nhà thầu nước ngoài mỗi khi trả tiền dịch vụ, bản quyền cho đối tác ở nước ngoài. Quanh bốn loại đó là các khoản tuỳ ngành nghề: thuế xuất khẩu, nhập khẩu, thuế tiêu thụ đặc biệt, thuế bảo vệ môi trường, thuế tài nguyên và các khoản liên quan đến đất.
Mỗi loại thuế có luật riêng, nhưng việc khai, nộp, kiểm tra thì đi chung một luật thủ tục là Luật Quản lý thuế số 38/2019/QH14. Nắm được sự tách đôi này — một bên là các luật thuế nội dung, một bên là luật quản lý thuế — là cách nhanh nhất để biết phải mở văn bản nào khi có câu hỏi. Bài này vẽ lại hệ thống như đang vận hành năm 2026 và chỉ chỗ quy định từng phần.
Bốn loại thuế doanh nghiệp nào cũng gặp
| Loại thuế | Đánh vào đâu | Luật chính | Nhịp khai nộp thường gặp |
|---|---|---|---|
| Thuế TNDN | Lợi nhuận của doanh nghiệp | Luật 67/2025/QH15, áp dụng từ kỳ tính thuế 2025 | Tạm nộp theo quý, quyết toán năm |
| Thuế GTGT | Hàng hoá, dịch vụ bán tại Việt Nam và hàng nhập khẩu | Luật 48/2024/QH15, hiệu lực từ 1/7/2025 | Khai tháng hoặc quý; khấu trừ đầu vào với đầu ra |
| Thuế TNCN | Tiền lương, tiền công và thu nhập khác của cá nhân | Luật Thuế TNCN và văn bản hướng dẫn | Doanh nghiệp khấu trừ, khai tháng hoặc quý, quyết toán năm |
| Thuế nhà thầu nước ngoài | Thu nhập phát sinh tại Việt Nam của bên nước ngoài | Quy định trong luật thuế TNDN, GTGT và văn bản quản lý thuế | Bên Việt Nam khấu trừ khi thanh toán |
Thuế suất TNDN phổ thông là 20%; doanh nghiệp có tổng doanh thu năm không quá 3 tỷ đồng áp 15%, trên 3 tỷ đến 50 tỷ đồng áp 17%. Thuế GTGT có ba mức 0%, 5% và 10%; ngoài ra có chính sách giảm 2% cho một số nhóm hàng hoá, dịch vụ theo nghị quyết của Quốc hội — phạm vi và thời hạn đặt riêng cho từng đợt, nên phải tra lại cho đúng kỳ trước khi xuất hoá đơn theo mức giảm.
Thuế nhà thầu không phải một luật riêng mà là một cơ chế: khi doanh nghiệp Việt Nam trả tiền cho tổ chức nước ngoài về dịch vụ, lãi vay, bản quyền hay một số hàng hoá kèm dịch vụ, khoản trả đó mang theo thuế GTGT và TNDN của Việt Nam mà bên trả thường phải khấu trừ. Công ty con mua dịch vụ tập đoàn, dùng phần mềm bản quyền hay vay công ty mẹ sẽ gặp thuế nhà thầu hằng tháng, không phải chuyện thỉnh thoảng.
Các khoản thuế tuỳ ngành nghề
Ngoài bốn loại cốt lõi, danh sách phụ thuộc vào việc doanh nghiệp làm gì và nắm tài sản gì:
- Thuế xuất khẩu, nhập khẩu — thu tại cửa khẩu trên trị giá hải quan, đi kèm thuế GTGT hàng nhập khẩu và, với một số mặt hàng, thuế tiêu thụ đặc biệt, thuế bảo vệ môi trường. Doanh nghiệp gia công, sản xuất xuất khẩu thường có cơ chế riêng, làm việc với cơ quan hải quan chứ không phải cơ quan thuế.
- Thuế tiêu thụ đặc biệt — với hàng hoá, dịch vụ Nhà nước muốn hạn chế hoặc điều tiết tiêu dùng như thuốc lá, rượu, bia, ô tô. Luật 66/2025/QH15 áp dụng từ 1/1/2026; doanh nghiệp sản xuất hay nhập khẩu hàng thuộc các nhóm này nên rà riêng biểu thuế và giá tính thuế.
- Thuế bảo vệ môi trường — với một danh mục sản phẩm như xăng dầu, một số loại túi ni lông, thường thu ở khâu sản xuất hoặc nhập khẩu.
- Thuế tài nguyên — với doanh nghiệp khai thác tài nguyên, kể cả nước dùng trong một số quy trình sản xuất.
- Các khoản liên quan đến đất — tiền thuê đất, thuế sử dụng đất phi nông nghiệp, lệ phí trước bạ khi sang tên tài sản. Trong khu công nghiệp, tiền thuê đất hay trả qua chủ đầu tư hạ tầng, nhưng nghĩa vụ pháp lý vẫn cần hiểu rõ.
Bảo hiểm xã hội, bảo hiểm y tế, bảo hiểm thất nghiệp không phải thuế, nhưng tính trên cùng quỹ lương với thuế TNCN và do một cơ quan khác kiểm tra. Bộ phận kế toán thường xử lý chung trong một nhịp hằng tháng.
Những gì vừa bớt đi
Năm 2026 có hai thay đổi làm bức tranh gọn hơn. Thứ nhất, lệ phí môn bài bãi bỏ từ 1/1/2026 theo Nghị quyết 198/2025/QH15, không còn tờ khai lệ phí môn bài hằng năm. Khoản của những năm trước đã đến hạn mà chưa nộp thì vẫn phải nộp.
Thứ hai, cũng nghị quyết này chấm dứt phương pháp khoán thuế với hộ kinh doanh chậm nhất trong năm 2026. Doanh nghiệp FDI chịu tác động gián tiếp: rất nhiều nhà cung cấp nhỏ — bếp ăn, xe đưa đón, tiệm sửa chữa, chủ nhà cho thuê chỗ ở công nhân — là hộ kinh doanh. Khi họ chuyển sang tự kê khai doanh thu, nhiều hộ sẽ xuất được hoá đơn đúng chuẩn, và bộ phận công nợ phải trả nên chuẩn bị cho việc chứng từ của nhóm này thay đổi trong giai đoạn chuyển tiếp.
Thay đổi thứ ba thuộc về quản lý: từ 1/7/2025, số định danh cá nhân dùng thay mã số thuế cá nhân. Hồ sơ lương của nhân viên người Việt nên ghi số định danh; chuyên gia nước ngoài chưa có số này vẫn cần đăng ký thuế thông qua doanh nghiệp.
Một luật thủ tục cho mọi sắc thuế
Loại thuế nào cũng vậy, thủ tục đi theo Luật Quản lý thuế: đăng ký, khai, nộp, hoàn, miễn giảm, kiểm tra, thanh tra, cưỡng chế. Bộ văn bản hướng dẫn luật này được thay mới giữa năm 2026: Nghị định 252/2026/NĐ-CP hướng dẫn Luật Quản lý thuế và Thông tư 89/2026/TT-BTC hướng dẫn luật và nghị định, cùng hiệu lực từ 1/7/2026. Các kỳ trước mốc này có thể vẫn đọc theo văn bản cũ như Nghị định 126/2020/NĐ-CP và Thông tư 80/2021/TT-BTC. Bài chỉ nêu tên để biết cần tra ở đâu; trước khi áp một thủ tục cụ thể, hãy đọc thẳng văn bản.
Các mốc hạn chính theo Luật Quản lý thuế vẫn giữ nguyên:
- Tờ khai tháng: chậm nhất ngày 20 tháng sau.
- Tờ khai quý: chậm nhất ngày cuối cùng của tháng đầu quý sau.
- Quyết toán thuế TNDN năm của tổ chức: chậm nhất ngày cuối cùng của tháng thứ 3 sau khi kết thúc năm tài chính.
- Cá nhân tự quyết toán thuế TNCN: ngày cuối cùng của tháng thứ 4.
Việt Nam áp dụng cơ chế tự khai, tự tính, tự nộp. Doanh nghiệp tính và nộp; cơ quan thuế kiểm tra sau, tại trụ sở cơ quan thuế dựa trên hồ sơ khai hoặc tại trụ sở doanh nghiệp. Nộp chậm thì bị tính tiền chậm nộp theo ngày trên số thuế chậm nộp — mức lâu nay là 0,03%/ngày; tra lại mức đang áp dụng.
Các sắc thuế gặp nhau trong một tháng bình thường
Một ví dụ giả định cho thấy các loại thuế móc vào nhau thế nào. Giả sử một công ty phân phối vốn nước ngoài ở Đồng Nai có một tháng như sau:
- Bán hàng cho các nhà bán lẻ, xuất hoá đơn điện tử. Mỗi hoá đơn phát sinh thuế GTGT đầu ra; doanh thu sau này tính vào thuế TNDN.
- Mua hàng của nhà cung cấp trong nước. Hoá đơn của họ cho công ty số thuế GTGT đầu vào được khấu trừ, với điều kiện hoá đơn từ 5 triệu đồng trở lên có chứng từ thanh toán không dùng tiền mặt; chi phí cũng được trừ khi tính thuế TNDN nếu đủ điều kiện.
- Nhập một lô hàng. Hải quan thu thuế nhập khẩu và thuế GTGT hàng nhập khẩu; số thuế GTGT này được khấu trừ trên tờ khai GTGT tháng.
- Trả lương và khấu trừ thuế TNCN cho nhân viên người Việt và chuyên gia nước ngoài.
- Trả phí quản lý cho công ty mẹ. Khoản trả này phát sinh thuế nhà thầu, và bản thân chi phí đó còn phải đứng vững theo quy định về giao dịch liên kết.
Trước ngày 20 tháng sau, công ty nộp tờ khai GTGT (nếu khai tháng), tờ khai khấu trừ thuế TNCN (nếu khai tháng) và tờ khai thuế nhà thầu cho khoản trả công ty mẹ. Mỗi quý tạm nộp thuế TNDN; mỗi năm quyết toán TNDN và TNCN. Cùng một giao dịch đi vào nhiều sắc thuế, nên lệch ở chỗ này — chẳng hạn một hoá đơn không có trên tờ khai GTGT — thường lộ ra ở chỗ khác.
Làm việc với ai
Bộ máy thuế được sắp xếp lại năm 2025. Từ 1/7/2025 cả nước có 34 tỉnh, thành phố, không còn cấp huyện; cơ quan thuế gồm ba cấp: Cục Thuế ở trung ương, Thuế tỉnh, thành phố và Thuế cơ sở. Doanh nghiệp do một trong các đơn vị này quản lý, ghi trên trang tra cứu người nộp thuế.
Hải quan là cơ quan riêng cho mọi thứ qua biên giới; bảo hiểm xã hội có cơ quan riêng; về đất đai, cơ quan tài nguyên môi trường địa phương và thuế tỉnh cùng tham gia. Vì vậy doanh nghiệp FDI hiếm khi chỉ có một đầu mối. Việc làm được là giao mỗi mối quan hệ cho một người phụ trách trong nội bộ và giữ một lịch chung cho tất cả.
Tự kiểm tra ở đâu
- Trang tra cứu thông tin người nộp thuế của cơ quan thuế: trạng thái đăng ký và cơ quan thuế quản lý, tra bằng mã số thuế.
- Tài khoản thuế điện tử của doanh nghiệp: tờ khai đã nộp, số tiền đã ghi nhận, khoản hệ thống coi là còn phải nộp. Ứng dụng thuế trên điện thoại xem được phần lớn thông tin này.
- Cổng hoá đơn điện tử: hoá đơn công ty xuất ra và nhận vào — nơi thường bắt đầu những chênh lệch về GTGT và chi phí.
- Cơ quan thuế quản lý trực tiếp, cho những gì hệ thống không trả lời được.
Toàn văn các luật nhắc trong bài, kèm ngày hiệu lực, có trong thư viện văn bản trên NganhThue.com.
Câu hỏi thường gặp
Doanh nghiệp FDI mới được cấp phép sẽ gặp loại thuế nào trước?
Thường là GTGT và TNCN, vì phát sinh ngay từ hoá đơn bán hàng và kỳ lương đầu tiên. Thuế TNDN bắt đầu từ lần tạm nộp quý đầu; thuế nhà thầu bắt đầu từ lần đầu trả tiền cho bên nước ngoài — với nhiều công ty con, đó là phí thiết lập do công ty mẹ tính.
Có tờ khai nào gộp chung mọi loại thuế không?
Không. Mỗi loại thuế có tờ khai riêng, nộp qua hệ thống thuế điện tử theo nhịp riêng. Thủ tục thống nhất vì cùng theo Luật Quản lý thuế, nhưng tờ khai thì tách.
Doanh nghiệp Việt Nam có phải nộp thuế trên thu nhập ở nước ngoài không?
Có. Doanh nghiệp thành lập tại Việt Nam chịu thuế trên cả thu nhập phát sinh ở nước ngoài, được trừ số thuế đã nộp ở nước ngoài theo quy định và hiệp định áp dụng. Doanh nghiệp nước ngoài không có pháp nhân tại Việt Nam chỉ chịu thuế trên thu nhập phát sinh tại Việt Nam, chủ yếu qua thuế nhà thầu hoặc cơ sở thường trú.
Chính sách giảm 2% thuế GTGT còn áp dụng không?
Chính sách này áp dụng theo từng đợt và cho nhóm hàng hoá, dịch vụ xác định theo nghị quyết của Quốc hội. Cần tra nghị quyết cho đúng kỳ và kiểm tra sản phẩm có thuộc danh mục được giảm hay không trước khi xuất hoá đơn theo mức giảm.
Chi nhánh có còn phải nộp lệ phí môn bài không?
Không. Lệ phí môn bài bãi bỏ từ 1/1/2026 theo Nghị quyết 198/2025/QH15, cho cả doanh nghiệp và chi nhánh. Khoản của các năm trước chưa nộp thì vẫn phải nộp.
Thuế nhập khẩu nằm ở đâu trong hệ thống này?
Thuế xuất khẩu, nhập khẩu do cơ quan hải quan quản lý và nộp khi thông quan. Thuế GTGT hàng nhập khẩu do hải quan thu vẫn được khấu trừ trên tờ khai GTGT nộp cho cơ quan thuế.
