Doanh nghiệp FDI ở Việt Nam bị kiểm tra khi cơ quan thuế thấy dữ liệu của doanh nghiệp đáng xem kỹ hơn, và quyết định đó ngày càng dựa trên phân tích rủi ro thay vì theo lượt cố định. Tờ khai lệch hoá đơn điện tử, đề nghị hoàn thuế lớn, lỗ nhiều năm trong khi quy mô tăng, khoản trả lớn cho bên liên kết ở nước ngoài, giao dịch với nhà cung cấp bị gắn trạng thái bất thường — đó là những tín hiệu làm doanh nghiệp nổi lên.
Phần lớn việc xem xét bắt đầu bằng kiểm tra tại trụ sở cơ quan thuế và dừng ở đó nếu doanh nghiệp giải trình tốt. Một số chuyển thành kiểm tra tại trụ sở doanh nghiệp, theo những sắc thuế và kỳ được chọn. Dù trường hợp nào, doanh nghiệp giữ hồ sơ gọn gàng — đã đối chiếu, hợp đồng khớp hoá đơn, chi phí nội bộ tập đoàn có chứng cứ — sẽ mất vài ngày thay vì vài tháng. Bài này mô tả quy trình và cách chuẩn bị, không đi vào mức phạt.
Doanh nghiệp được chọn kiểm tra thế nào
Luật Quản lý thuế số 38/2019/QH14 quy định kiểm tra tại trụ sở cơ quan thuế, kiểm tra tại trụ sở người nộp thuế và thanh tra. Từ 1/7/2026, cách phân loại người nộp thuế theo rủi ro theo Thông tư 94/2026/TT-BTC về quản lý tuân thủ và quản lý rủi ro trong quản lý thuế. Bài chỉ nêu tên, không tóm tắt tiêu chí; điều có thể nói là dữ liệu trông thế nào khi nhìn từ phía doanh nghiệp.
Các tín hiệu hay gây chú ý ở doanh nghiệp FDI:
- Tờ khai không khớp hoá đơn điện tử. Thuế đầu ra thấp hơn giá trị hoá đơn đã xuất, thuế đầu vào cao hơn hoá đơn đã nhận.
- Đề nghị hoàn thuế GTGT, nhất là số lớn hay lặp lại. Hoàn thuế thường được kiểm tra trước hoặc sau khi hoàn.
- Lỗ liên tục trong khi doanh thu, lao động hay công suất tăng.
- Giao dịch liên kết đáng kể — phí quản lý, phí bản quyền, lãi vay, mua bán với công ty trong tập đoàn. Quản lý thuế với doanh nghiệp có giao dịch liên kết, từ 1/7/2026, theo Nghị định 255/2026/NĐ-CP.
- Đối tác có trạng thái bất thường, như nhà cung cấp không hoạt động tại địa chỉ đăng ký.
- Thay đổi cơ cấu — sáp nhập, chuyển nhượng vốn, đóng chi nhánh, hết thời gian ưu đãi.
Không tín hiệu nào có nghĩa doanh nghiệp làm sai. Đó chỉ là nơi dữ liệu của cơ quan thuế chỉ vào trước.
Kiểm tra tại trụ sở cơ quan thuế: bước đầu, thường cũng là bước cuối
Khi kiểm tra tại trụ sở cơ quan thuế, cơ quan thuế quản lý đối chiếu tờ khai của doanh nghiệp với dữ liệu mình có; thấy điểm không khớp thì gửi thông báo đề nghị giải trình hoặc bổ sung tài liệu. Doanh nghiệp trả lời bằng văn bản trong thời hạn được nêu.
Văn bản trả lời tốt có ba phần: số liệu đối chiếu từng dòng, chứng từ minh hoạ cho bảng đối chiếu, và — nếu đúng là có sai sót — tờ khai bổ sung sửa lại. Trả lời bằng lý lẽ không có số liệu, hoặc trả lời quá hạn, dễ đẩy việc sang bước tiếp theo.
Ví dụ giả định. Giả sử thông báo nêu số thuế GTGT đầu vào doanh nghiệp đã khai trong một quý cao hơn 85 triệu đồng so với thuế trên hoá đơn mua vào ghi nhận trên hệ thống hoá đơn điện tử. Bảng đối chiếu của doanh nghiệp chỉ ra ba nguyên nhân: thuế GTGT hàng nhập khẩu nộp tại hải quan, không nằm trên hệ thống hoá đơn nhưng có tờ khai hải quan làm căn cứ; một hoá đơn đầu vào bị khai trùng hai lần; và một hoá đơn của nhà cung cấp chưa lên hệ thống tại thời điểm đối chiếu. Văn bản trả lời trình bày từng khoản kèm chứng từ, đồng thời nộp tờ khai bổ sung rút hoá đơn khai trùng. Đó là câu trả lời đầy đủ; chỉ khẳng định "số liệu đúng" mà không bóc tách thì không.
Lưu chung thông báo, văn bản trả lời và biên nhận. Nếu câu hỏi đó bị nêu lại trong đợt kiểm tra sau, hồ sơ cho thấy đã được trả lời.
Kiểm tra tại trụ sở doanh nghiệp: từ quyết định đến kết luận
Kiểm tra tại trụ sở doanh nghiệp đi theo trình tự chính thức. Chi tiết do quy định quản lý thuế có hiệu lực tại thời điểm kiểm tra điều chỉnh, nay gồm cả Nghị định 252/2026/NĐ-CP và Thông tư 89/2026/TT-BTC; dưới đây là khung thường gặp:
- Quyết định kiểm tra. Doanh nghiệp nhận quyết định ghi đoàn kiểm tra, sắc thuế và kỳ kiểm tra, thời hạn. Đọc kỹ phạm vi: đợt kiểm tra giới hạn trong những gì quyết định ghi.
- Buổi làm việc mở đầu. Đoàn nêu phạm vi và tài liệu cần. Thống nhất một đầu mối phía doanh nghiệp và một phòng để xem hồ sơ.
- Làm việc tại doanh nghiệp. Đoàn xem sổ sách, hoá đơn, hợp đồng, chứng từ ngân hàng, bảng đối chiếu sau tờ khai và đặt câu hỏi. Trả lời bằng văn bản khi có thể, ghi sổ từng tài liệu đã cung cấp.
- Biên bản. Kết quả ghi vào biên bản kiểm tra. Doanh nghiệp được ghi ý kiến không đồng ý và giải trình vào biên bản. Đừng ký biên bản chưa đọc hết; cần thì xin thời gian xem lại.
- Kết luận, quyết định. Cơ quan thuế ban hành kết luận và, nếu có, quyết định về số thuế truy thu, tiền chậm nộp và xử phạt.
Doanh nghiệp không đồng ý với quyết định có thể khiếu nại theo thủ tục khiếu nại và cuối cùng là khởi kiện ra toà. Theo dõi thời hạn khiếu nại ngay từ ngày nhận quyết định.
Đoàn kiểm tra thường hỏi gì ở doanh nghiệp FDI
| Mảng | Tài liệu thường được yêu cầu |
|---|---|
| Doanh thu | Bảng đối chiếu doanh thu sổ sách, hoá đơn đã xuất, tiền về ngân hàng; hợp đồng với khách hàng lớn |
| Thuế GTGT đầu vào | Hoá đơn mua vào, chứng từ thanh toán không dùng tiền mặt với hoá đơn từ 5 triệu đồng, bằng chứng đã nhận hàng hoá, dịch vụ |
| Chi phí được trừ | Chứng từ cho khoản chi lớn hoặc bất thường; bảng điều chỉnh chi phí trong quyết toán TNDN |
| Chi phí nội bộ tập đoàn | Hợp đồng dịch vụ, bằng chứng đã nhận dịch vụ, tiêu thức phân bổ, hồ sơ xác định giá giao dịch liên kết |
| Tiền lương | Hợp đồng lao động, bảng lương, khấu trừ TNCN, phúc lợi cho chuyên gia nước ngoài và cách xử lý thuế |
| Khoản trả ra nước ngoài | Tờ khai thuế nhà thầu và hợp đồng tương ứng |
| Ưu đãi | Giấy chứng nhận đầu tư, điều kiện đã đáp ứng, hạch toán riêng thu nhập được ưu đãi |
Phần lớn là những bảng đối chiếu mà một phòng tài chính làm tốt vẫn lập khi khoá sổ cuối năm. Khác biệt khi bị kiểm tra là chúng phải bằng tiếng Việt hoặc có bản dịch, khớp với tờ khai đã nộp, và đưa ra được nhanh.
Giữ bộ hồ sơ luôn sẵn sàng
Chuẩn bị kiểm tra rẻ nhất là chuẩn bị trong năm. Mức tối thiểu cho mỗi năm tính thuế:
- Bảng đối chiếu tháng hoặc quý giữa tờ khai GTGT và cổng hoá đơn điện tử, có người duyệt và ngày tháng.
- Bảng đối chiếu năm doanh thu giữa sổ sách, hoá đơn, ngân hàng; số dư tài khoản thuế điện tử với sổ cái.
- Danh mục hợp đồng nối từng hợp đồng lớn với nhà cung cấp, khách hàng tới hoá đơn tương ứng.
- Hồ sơ giao dịch nội bộ tập đoàn: hợp đồng, hoá đơn, bằng chứng dịch vụ, căn cứ định giá của từng khoản.
- Nhật ký kiểm tra đối tác: kết quả tra trạng thái nhà cung cấp và việc đã làm với các trường hợp bất thường.
- Tờ khai đã nộp kèm thông báo của hệ thống, chứng từ nộp tiền và thư từ.
Chứng từ kế toán dùng trực tiếp để ghi sổ và lập báo cáo tài chính phải lưu ít nhất 10 năm theo Luật Kế toán, nên bộ hồ sơ phải sống sót qua thay đổi nhân sự và chuyển đổi phần mềm. Để ở nơi người kế nhiệm tìm thấy.
Trang ThueSach.com có các hướng dẫn thực tế để tự rà hồ sơ thuế của doanh nghiệp trước khi bị rà.
Làm việc với đoàn kiểm tra cho tốt
- Một đầu mối. Cử một người nắm hồ sơ và nói thay doanh nghiệp. Nhiều nhân viên trả lời khác nhau sinh thêm câu hỏi.
- Trả lời đúng điều được hỏi. Cung cấp tài liệu được yêu cầu, đánh dấu rõ, giữ bản sao mỗi bộ. Không cần đưa tài liệu không liên quan, nhưng tuyệt đối không giấu hay sửa tài liệu.
- Giải trình bằng văn bản. Lời giải thích miệng dễ thất lạc; ghi chú bằng văn bản kèm biên bản thì không.
- Kéo công ty mẹ vào sớm. Khoản phí nội bộ bị hỏi thì bằng chứng thường nằm ở tập đoàn. Xin ngay từ ngày đầu, đừng đợi đến trước hôm ký biên bản.
- Khép vòng. Sau kết luận, sửa quy trình gây ra từng phát hiện để lần kiểm tra sau không gặp lại.
Trước khi đoàn đến, tự xem tài khoản thuế điện tử và cổng hoá đơn điện tử, xác nhận cơ quan quản lý qua trang tra cứu thông tin người nộp thuế. Đoàn kiểm tra đã nhìn vào đúng những dữ liệu đó.
Câu hỏi thường gặp
Bị chọn kiểm tra có nghĩa doanh nghiệp đã làm sai?
Không. Việc chọn phản ánh dữ liệu và phân tích rủi ro của cơ quan thuế. Nhiều đợt kiểm tra kết thúc không điều chỉnh hoặc chỉ sửa nhỏ, nhất là khi doanh nghiệp có sẵn bảng đối chiếu.
Đoàn kiểm tra có được xem kỳ không ghi trong quyết định không?
Đợt kiểm tra giới hạn trong sắc thuế và kỳ ghi trong quyết định. Nếu đoàn cần tài liệu ngoài phạm vi, hỏi lịch sự tài liệu đó liên quan gì tới quyết định; mở rộng phạm vi cần quyết định mới hoặc quyết định điều chỉnh.
Không đồng ý một phát hiện thì có ký biên bản không?
Có thể ký biên bản đồng thời ghi ý kiến không đồng ý và giải trình vào biên bản. Đọc hết biên bản trước khi ký, và xin thêm thời gian nếu biên bản dài hoặc nhiều nội dung kỹ thuật.
Đã có quyết định kiểm tra thì còn tự khai bổ sung được không?
Khoảng tự sửa hẹp lại khi kỳ đó đã có quyết định kiểm tra. Hãy sửa sai sót phát hiện được trước khi có quyết định; sau đó, trao đổi với đoàn kiểm tra và đơn vị tư vấn.
Đề nghị hoàn thuế GTGT lúc nào cũng dẫn tới kiểm tra?
Không phải lúc nào, nhưng hoàn thuế là lý do hay gặp để kiểm tra trước hoặc sau hoàn. Chuẩn bị hồ sơ hoàn như thể sẽ bị kiểm tra: hoá đơn, chứng từ thanh toán, bằng chứng về hoạt động xuất khẩu hay đầu tư phía sau.
Doanh nghiệp có quyền phản đối quyết định sau kiểm tra không?
Có. Doanh nghiệp được khiếu nại theo thủ tục khiếu nại và cuối cùng có thể khởi kiện ra toà. Ghi nhớ thời hạn khiếu nại tính từ ngày nhận quyết định.
