Thuế nhà thầu nước ngoài có ba cách nộp. Theo phương pháp khấu trừ (thường gọi là nộp thay, hay phương pháp trực tiếp), bên Việt Nam trừ phần GTGT và TNDN trên mỗi lần trả tiền rồi nộp thay nhà thầu. Theo phương pháp kê khai, nhà thầu tự đăng ký thuế, giữ sổ sách theo chế độ kế toán Việt Nam và kê khai GTGT, TNDN gần như một doanh nghiệp trong nước. Phương pháp hỗn hợp nằm giữa: nhà thầu đăng ký, kê khai GTGT theo phương pháp khấu trừ, còn TNDN nộp theo tỷ lệ trên doanh thu.
Với một khoản dịch vụ lẻ hay tiền bản quyền doanh nghiệp FDI trả ra nước ngoài, gần như luôn là khấu trừ nộp thay, không có gì để chọn. Câu hỏi chỉ thật sự đặt ra với dự án dài: nhà thầu tổng thầu nước ngoài xây nhà máy, hợp đồng lắp đặt, kỹ thuật kéo dài nhiều năm, công ty nước ngoài mở văn phòng điều hành dự án tại Việt Nam. Ở đó, phương pháp quyết định ai khai, thuế GTGT đầu vào xử lý ra sao, giá hợp đồng phải gánh gì và nhà thầu phải làm bao nhiêu việc giấy tờ. Bài này đi qua ba lựa chọn và những quyết định xoay quanh chúng.
Văn bản quyết định việc chọn
Phần TNDN theo Luật 67/2025/QH15, áp dụng từ kỳ tính thuế 2025; phần GTGT theo Luật 48/2024/QH15, hiệu lực 1/7/2025. Đăng ký, khai, nộp theo Luật Quản lý thuế 38/2019/QH14 và bộ văn bản hướng dẫn năm 2026: Nghị định 252/2026/NĐ-CP, Thông tư 89/2026/TT-BTC, và Thông tư 90/2026/TT-BTC về đăng ký thuế. Điều kiện của từng phương pháp và các tỷ lệ tính trên doanh thu nằm trong hướng dẫn của Bộ Tài chính về nhà thầu nước ngoài, đọc cùng các luật trên.
Phần dưới mô tả điều kiện ở mức nguyên tắc. Trước khi nhà thầu chọn phương pháp, nên để đơn vị tư vấn xác nhận bằng văn bản điều kiện nào đang áp dụng theo văn bản hiện hành, vì phương pháp đi theo cả vòng đời hợp đồng và đổi giữa chừng không đơn giản.
Phương pháp khấu trừ: bên Việt Nam nộp thay
Đây là cách mặc định. Bên Việt Nam đăng ký mã số thuế nộp thay, tính phần GTGT và TNDN trên từng lần trả tiền, khai và nộp vào ngân sách. Nhà thầu không đăng ký thuế tại Việt Nam, không giữ sổ sách ở đây.
- Căn cứ tính: doanh thu nhà thầu nhận được, quy đổi thành doanh thu trước thuế nếu bên Việt Nam chịu thuế thay.
- GTGT: doanh thu nhân tỷ lệ % để tính thuế GTGT theo từng hoạt động. Nhà thầu không khấu trừ được thuế đầu vào của mình; bên Việt Nam có thể khấu trừ phần GTGT đã nộp thay nếu đủ điều kiện.
- TNDN: tỷ lệ % trên doanh thu theo hoạt động. Chi phí thực tế và biên lợi nhuận không ảnh hưởng.
- Hợp với: dịch vụ, bản quyền, tiền lãi, hợp đồng ngắn, nhà thầu không có hiện diện thật ở Việt Nam.
Điểm yếu lộ ra ở dự án lớn nhiều chi phí trong nước. Nhà thầu mua nhiều vật tư và thuê nhiều nhà thầu phụ tại Việt Nam thì trả thuế GTGT trên các khoản mua đó nhưng không bù trừ được với phần GTGT tính theo tỷ lệ, nên thuế đầu vào nằm luôn trong giá chào.
Phương pháp kê khai: nhà thầu tự làm trên sổ sách
Theo phương pháp kê khai, nhà thầu nước ngoài đăng ký thuế tại Việt Nam, áp dụng chế độ kế toán Việt Nam, xuất hoá đơn Việt Nam, kê khai GTGT theo phương pháp khấu trừ và TNDN trên thu nhập tính thuế thực tế. Bên Việt Nam không khấu trừ nữa. Nói cách khác, trong thời gian hợp đồng, nhà thầu ứng xử như một người nộp thuế trong nước.
Điều kiện lâu nay xoay quanh ba ý: có cơ sở thường trú hoặc là đối tượng cư trú tại Việt Nam, thời hạn hợp đồng đủ dài, và áp dụng chế độ kế toán Việt Nam cùng quy định về hoá đơn. Ngưỡng cụ thể nằm trong văn bản hướng dẫn; tra đúng cho hợp đồng của mình, đừng suy đoán.
Nhà thầu được: thuế GTGT trên hàng mua trong nước được khấu trừ, thuế TNDN theo lợi nhuận thật chứ không theo tỷ lệ ấn định, quy trình thanh toán của khách hàng gọn hơn. Nhà thầu phải gánh: hệ thống tài khoản kế toán Việt Nam, hoá đơn điện tử (theo Nghị định 254/2026/NĐ-CP về hoá đơn, chứng từ điện tử từ 1/7/2026, cùng Thông tư 91/2026/TT-BTC), tờ khai tháng hoặc quý, quyết toán TNDN năm và khả năng bị kiểm tra đầy đủ như doanh nghiệp trong nước.
Phương pháp hỗn hợp
Phương pháp hỗn hợp dành cho nhà thầu giữ được sổ sách Việt Nam cho phần GTGT nhưng không làm được cho phần TNDN. Nhà thầu đăng ký, kê khai GTGT theo phương pháp khấu trừ — thuế đầu vào trong nước được khấu trừ — còn TNDN nộp theo tỷ lệ trên doanh thu như cách khấu trừ nộp thay. Cách này hợp với nhà thầu mua sắm nhiều trong nước, doanh thu rõ ràng, nhưng không muốn hoặc không đủ sức lập quyết toán TNDN đầy đủ theo chuẩn Việt Nam.
Hỗn hợp là một chế độ chính thức, không phải cách hai bên tự thoả thuận chia đôi. Nhà thầu phải đăng ký và thông báo phương pháp áp dụng với cơ quan thuế, còn bên Việt Nam phải biết rõ để không khấu trừ phần GTGT mà nhà thầu đã tự kê khai.
Đặt ba phương pháp cạnh nhau
| Câu hỏi | Khấu trừ nộp thay | Kê khai | Hỗn hợp |
|---|---|---|---|
| Ai khai | Bên Việt Nam | Nhà thầu | Nhà thầu (GTGT; TNDN theo tỷ lệ) |
| Nhà thầu đăng ký thuế tại Việt Nam | Không | Có | Có |
| Cách tính GTGT | Tỷ lệ trên doanh thu | Khấu trừ | Khấu trừ |
| Nhà thầu khấu trừ thuế đầu vào trong nước | Không | Có | Có |
| Cách tính TNDN | Tỷ lệ trên doanh thu | Thu nhập tính thuế thực tế | Tỷ lệ trên doanh thu |
| Sổ sách, hoá đơn Việt Nam | Không cần | Bắt buộc | Bắt buộc cho GTGT |
| Dùng khi | Dịch vụ, bản quyền, tiền lãi, hợp đồng ngắn | Dự án dài, có hiện diện và kế toán đầy đủ | Dự án dài, mua sắm trong nước nhiều |
Ví dụ giả định. Giả sử một công ty kỹ thuật nước ngoài nhận hợp đồng hai năm xây và chạy thử dây chuyền cho một nhà máy ở Việt Nam, dự kiến mua phần lớn thép, cáp và nhân công tại chỗ. Theo cách khấu trừ nộp thay, thuế GTGT trả khi mua những thứ đó thành chi phí và giá chào tăng theo. Theo cách hỗn hợp hoặc kê khai, phần thuế đầu vào này khấu trừ được, giá có thể thấp hơn — đổi lại phải đăng ký, giữ sổ sách Việt Nam và khai đều đặn. Chọn cách nào phụ thuộc con số và khả năng vận hành kế toán Việt Nam suốt hai năm, không phải sở thích chung chung.
Dòng tiền, thời điểm và rủi ro bị kiểm tra
Ba phương pháp còn khác nhau ở chỗ tiền đi lúc nào và câu hỏi treo bao lâu. Khấu trừ nộp thay thì thuế nộp quanh mỗi lần thanh toán, nhà thầu nhận ít tiền hơn trên từng hoá đơn nhưng không còn việc khai nào ở Việt Nam; rủi ro bị kiểm tra về số đã khấu trừ nằm ở bên Việt Nam. Kê khai thì GTGT quyết theo từng kỳ có khấu trừ đầu vào, TNDN tạm nộp trong năm và quyết toán sau khi hết năm, và chính nhà thầu bị kiểm tra trên sổ sách Việt Nam của mình — thường là khi dự án đã xong, đội công trường đã về nước.
Điểm cuối rất hay bị xem nhẹ. Nhà thầu chọn kê khai nên tính trước ai sẽ làm việc với cơ quan thuế hai, ba năm sau, sổ sách kế toán Việt Nam lưu ở đâu, và đóng mã số thuế thế nào cho đúng khi dự án kết thúc. Để mã số thuế còn hoạt động mà không ai chịu trách nhiệm là nguồn rắc rối về sau cho cả nhà thầu lẫn khách hàng Việt Nam.
Bên Việt Nam nên chốt gì trong hợp đồng
Dù chọn cách nào, bên Việt Nam vẫn chịu hậu quả nếu khấu trừ khi không cần hoặc không khấu trừ khi phải khấu trừ. Năm điều khoản sau chặn được phần lớn tranh chấp:
- Phương pháp. Ghi rõ nhà thầu áp dụng cách nào; nếu là kê khai hay hỗn hợp, yêu cầu bằng chứng đăng ký thuế.
- Giá đã gồm gì. Giá gồm hay chưa gồm GTGT Việt Nam và phần TNDN, ai chịu phần quy đổi nếu có.
- Hoá đơn. Với kê khai hay hỗn hợp, yêu cầu hoá đơn điện tử Việt Nam cho mỗi lần thanh toán; thiếu hoá đơn thì hồ sơ khấu trừ đầu vào của bên mình rất yếu.
- Nhà thầu phụ. Nhà thầu giao lại cho nhà thầu phụ nước ngoài khác thì ghi rõ ai lo thuế cho nhà thầu phụ. Doanh thu chuyển cho nhà thầu phụ có quy định riêng và phải lần ra được.
- Khi phương pháp không được chấp nhận. Thoả thuận trước giá và thanh toán xử lý ra sao nếu cơ quan thuế không chấp nhận phương pháp đã chọn, hoặc nhà thầu để đăng ký thuế mất hiệu lực.
Tự kiểm tra trước khi trả tiền
Nhà thầu nói mình tự kê khai thì kiểm trước lần trả tiền đầu tiên. Trang tra cứu thông tin người nộp thuế của cơ quan thuế cho biết nhà thầu có mã số thuế Việt Nam chưa, trạng thái đăng ký và cơ quan thuế quản lý. Hoá đơn điện tử Việt Nam của nhà thầu tra được trên cổng hoá đơn điện tử của cơ quan thuế. Một trong hai bước không khớp thì tạm giữ khoản khấu trừ tới khi có hồ sơ rõ ràng — hoá đơn đã trả tiền sửa khó hơn nhiều so với hoá đơn còn đang giữ.
Với tờ khai nộp thay của chính mình, tài khoản thuế điện tử của doanh nghiệp cho thấy tờ khai nào đã nộp và đã nộp tiền. Đối chiếu với các khoản trả ra nước ngoài ít nhất mỗi quý. Từ 1/7/2025 cả nước có 34 tỉnh, thành phố và bộ máy thuế ba cấp — Cục Thuế, Thuế tỉnh, thành phố, Thuế cơ sở — nên xác nhận cơ quan thuế quản lý bên trả tiền trước khi nộp.
Câu hỏi thường gặp
Nhà thầu có được tự chọn phương pháp tuỳ ý không?
Không. Khấu trừ nộp thay là mặc định; kê khai và hỗn hợp phụ thuộc điều kiện về hiện diện, thời hạn hợp đồng và khả năng kế toán theo văn bản hướng dẫn. Tra điều kiện hiện hành cho hợp đồng của mình trước khi chọn.
Nhà thầu kê khai có nghĩa là đã có cơ sở thường trú không?
Không tự động, nhưng hai câu hỏi rất gần nhau. Dự án dài có văn phòng công trường thường tạo cơ sở thường trú theo luật trong nước hoặc theo hiệp định thuế, và điều đó ảnh hưởng cách tính thuế trên lợi nhuận.
Nhà thầu đã tự kê khai GTGT, bên mình còn khấu trừ GTGT nữa không?
Không, với điều kiện nhà thầu đã đăng ký theo phương pháp đó và xuất hoá đơn điện tử Việt Nam. Khấu trừ thêm là thành thu GTGT hai lần. Lưu bằng chứng đăng ký của nhà thầu trong hồ sơ thanh toán.
Phần GTGT nộp thay có được khấu trừ đầu vào không?
Thường là được, nếu đủ điều kiện khấu trừ và có chứng từ nộp thuế. Với kê khai hoặc hỗn hợp, bên mình khấu trừ theo hoá đơn điện tử Việt Nam của nhà thầu.
Đổi phương pháp giữa chừng dự án được không?
Một số trường hợp có thể, nhưng rất xáo trộn vì phải đối chiếu lại đăng ký, hoá đơn và tờ khai đã nộp. Nên chốt ngay từ lúc chào thầu và ghi hệ quả vào hợp đồng.
Nhà thầu phụ nước ngoài của tổng thầu do ai lo thuế?
Tuỳ phương pháp tổng thầu áp dụng và điều khoản hợp đồng thầu phụ. Ghi rõ trong hợp đồng chính và yêu cầu bằng chứng thuế của nhà thầu phụ đã được xử lý.
