Thuế TNDN từ kỳ tính thuế 2025: doanh nghiệp có vốn nước ngoài cần rà lại những gì

Từ kỳ tính thuế năm 2025, thuế thu nhập doanh nghiệp tính theo Luật Thuế TNDN số 67/2025/QH15, hiệu lực từ 1/10/2025. Với doanh nghiệp có vốn đầu tư nước ngoài (FDI) lấy năm tài chính theo năm dương lịch, bộ quyết toán nộp đầu năm 2026 là bộ đầu tiên làm trọn theo luật mới — dù phần lớn giao dịch trong năm diễn ra trước ngày luật có hiệu lực.

Thuế suất phổ thông vẫn là 20%. Cái đổi nằm xung quanh con số đó: thêm hai mức thấp hơn cho doanh nghiệp nhỏ, danh mục khoản chi được trừ và không được trừ có điều chỉnh, cơ chế ưu đãi được sắp xếp lại. Đa số doanh nghiệp FDI không đổi thuế suất, nhưng gần như doanh nghiệp nào cũng phải rà lại cách phân loại chi phí và hồ sơ chứng minh ưu đãi đang hưởng.

Khung văn bản cần nắm

Luật đặt nguyên tắc; chi tiết nằm ở nghị định hướng dẫn và văn bản của Bộ Tài chính. Việc khai, nộp và thời hạn không do luật thuế TNDN quy định mà theo Luật Quản lý thuế số 38/2019/QH14. Giữa năm 2026 có thêm bộ văn bản hướng dẫn mới về quản lý thuế: Nghị định 252/2026/NĐ-CP hướng dẫn Luật Quản lý thuế và Thông tư 89/2026/TT-BTC hướng dẫn luật và nghị định về quản lý thuế. Bài này chỉ nêu tên để biết cần tra ở đâu, không tóm tắt điều khoản; trước khi áp dụng một thủ tục cụ thể, hãy đọc trực tiếp văn bản.

Một chuyện rất đời thường ở doanh nghiệp FDI: văn phòng khu vực hay trích văn bản Việt Nam bằng số ngắn ("Decree 123"), trong khi nhiều văn bản trùng số khác năm. Khi trao đổi với công ty mẹ hay đơn vị kiểm toán, luôn ghi đủ số hiệu, năm và ký hiệu cơ quan ban hành.

Ba mức thuế suất và cách xác định mức của mình

Luật mới giữ thuế suất phổ thông và thêm hai mức thấp hơn, căn cứ vào tổng doanh thu năm:

Nhà máy, nhà phân phối, trung tâm dịch vụ có bộ máy thật thường doanh thu vượt xa 50 tỷ đồng nên vẫn 20%. Hai mức thấp có ý nghĩa với pháp nhân nhỏ: công ty thương mại mới lập, công ty tư vấn đang gây dựng khách hàng, công ty dịch vụ nhỏ lập ra để phục vụ một dự án lớn hơn.

Ba điều cần kiểm trước khi hạch toán theo mức thấp. Một, doanh thu dùng để xét là doanh thu theo định nghĩa trong văn bản hướng dẫn, không phải con số trên báo cáo quản trị; đặc biệt lưu ý năm đầu hoạt động không đủ 12 tháng. Hai, mức thuế suất thấp không tự cộng dồn với ưu đãi theo dự án; khi cả hai cùng có thể áp dụng, văn bản hướng dẫn quyết định dùng cái nào. Ba, một số lĩnh vực có thuế suất riêng theo luật, nên doanh nghiệp trong ngành đặc thù đừng coi bảng trên là đủ.

Ví dụ giả định. Giả sử một công ty tư vấn mới thành lập có doanh thu năm đầu đủ năm là 2,4 tỷ đồng, thu nhập tính thuế 300 triệu đồng. Nếu đủ điều kiện áp mức 15%, thuế TNDN là 45 triệu đồng, so với 60 triệu nếu tính 20%. Khoản chênh có thật nhưng nhỏ so với rủi ro áp sai mức rồi phải nộp bù kèm tiền chậm nộp. Muốn thử nhanh vài con số, có thể dùng máy tính thuế TNDN trên ThueSuat.com.

Chi phí được trừ: ba điều kiện quyết định phần lớn số thuế

Với doanh nghiệp FDI, cách xử lý chi phí thường ảnh hưởng tới số thuế nhiều hơn thuế suất. Một khoản chi được trừ khi đủ ba điều kiện:

1. Chi thực tế phát sinh và liên quan tới hoạt động kinh doanh — không phải chi phí của cổ đông, không phải chi phí cá nhân của chuyên gia nước ngoài mà công ty trả hộ không có căn cứ hợp đồng.
2. Có hoá đơn, chứng từ hợp pháp. Mua trong nước là hoá đơn điện tử hợp lệ; mua từ nước ngoài là hợp đồng, hoá đơn của bên bán nước ngoài và chứng từ thanh toán.
3. Với khoản mua từ ngưỡng quy định trở lên, có chứng từ thanh toán không dùng tiền mặt. (Với khấu trừ thuế GTGT, Luật 48/2024/QH15 đặt mốc hoá đơn từ 5 triệu đồng; với chi phí được trừ TNDN, tra đúng văn bản hướng dẫn hiện hành, đừng mặc định hai mốc giống nhau.)

Đủ ba điều kiện vẫn có thể bị loại nếu khoản chi nằm trong danh mục không được trừ hoặc vượt mức khống chế — và danh mục này đã được sửa trong luật mới. Khoản chi năm 2024 được trừ chưa chắc năm 2025 vẫn được trừ. Nên rà trước:

• Phí quản lý, phí bản quyền, phí dịch vụ trả cho công ty mẹ hoặc công ty trong tập đoàn — chỉ được trừ khi chứng minh được dịch vụ có thật, công ty Việt Nam thực sự hưởng lợi và giá theo nguyên tắc giao dịch độc lập.
• Lãi vay cổ đông, vay nội bộ tập đoàn — chịu mức khống chế lãi vay trong quy định về giao dịch liên kết.
• Chi phí cho chuyên gia nước ngoài — tiền nhà, học phí cho con, vé về phép thường được trừ khi ghi trong hợp đồng lao động hoặc quy chế nội bộ và đã xử lý thuế thu nhập cá nhân tương ứng.
• Trích lập dự phòng, xoá nợ — chỉ được trừ khi làm đúng điều kiện của quy định tài chính, không dựa vào nhận định của ban điều hành.

Ưu đãi thuế đang hưởng: rà theo từng dự án

Ưu đãi thuế TNDN ở Việt Nam gắn với dự án, lĩnh vực và địa bàn: thuế suất ưu đãi trong một thời hạn, miễn thuế, giảm thuế, hoặc kết hợp. Ưu đãi gắn với dự án đầu tư đủ điều kiện chứ không gắn với cả công ty, không tự động có, và doanh nghiệp phải hạch toán riêng thu nhập được ưu đãi.

Luật mới sắp xếp lại danh mục ngành nghề, địa bàn ưu đãi và có quy định chuyển tiếp cho dự án đang hưởng. Bài này cố ý không nêu thời hạn hay mức ưu đãi cụ thể vì chúng phụ thuộc thời điểm cấp phép, điều kiện đã dùng để hưởng và cách quy định chuyển tiếp áp vào giấy chứng nhận đầu tư của từng dự án. Thay vào đó, nên làm một đợt rà ngắn:

1. Liệt kê mọi dự án công ty đang vận hành và ưu đãi (nếu có) của từng dự án.
2. Với mỗi ưu đãi, ghi rõ căn cứ pháp lý ban đầu và thời điểm dự án đủ điều kiện.
3. Kiểm tra thu nhập có còn được tách đúng không — lỗi hay gặp là dây chuyền mở rộng hoặc sản phẩm mới được hạch toán chung vào dự án ưu đãi mà chưa xét có đủ điều kiện hay không.
4. Đề nghị đơn vị tư vấn xác nhận bằng văn bản cách áp quy định chuyển tiếp cho từng dự án.

Riêng doanh nghiệp nhỏ mới lập có một quy định đơn giản hơn: Nghị quyết 198/2025/QH15 miễn thuế TNDN 3 năm cho doanh nghiệp nhỏ và vừa thành lập mới. Doanh nghiệp FDI mới lập có thể thuộc diện này nếu đáp ứng tiêu chí doanh nghiệp nhỏ và vừa cùng các điều kiện khác trong văn bản hướng dẫn; "mới thành lập" thôi thì chưa đủ.

Giao dịch liên kết và chi phí phân bổ từ tập đoàn

Phần lớn doanh nghiệp FDI nằm trong một tập đoàn, nên nhiều khoản chi lớn do hợp đồng nội bộ quyết định — và đó cũng là chỗ cơ quan thuế xem trước tiên. Nghị định 255/2026/NĐ-CP về quản lý thuế đối với doanh nghiệp có giao dịch liên kết có hiệu lực từ 1/7/2026 cùng đợt với các nghị định thuế khác. Hồ sơ xác định giá giao dịch liên kết soạn theo khung cũ nên được rà lại theo nghị định mới trước mùa quyết toán kế tiếp.

Điểm yếu thường gặp nằm ở hồ sơ, không nằm ở kỹ thuật:

• Phí quản lý xuất hoá đơn một lần cuối năm, không mô tả dịch vụ, không có ghi nhận thời gian, không có tiêu thức phân bổ.
• Thoả thuận chia sẻ chi phí ký sau khi chi phí đã được tính.
• Trả phí bản quyền cho nhãn hiệu mà công ty Việt Nam thực tế không dùng khi bán hàng.
• Không khấu trừ thuế nhà thầu nước ngoài khi trả tiền cho công ty trong tập đoàn ở nước ngoài, khiến khoản chi phía sau càng khó bảo vệ.

Không lỗi nào trong số này sửa được lúc quyết toán. Chúng được giải quyết ngay khi soạn hợp đồng và hạch toán hoá đơn đầu tiên.

Tạm nộp, quyết toán và thời hạn

Thuế TNDN tạm nộp theo quý trong năm và quyết toán khi hết năm. Theo Luật Quản lý thuế, hạn nộp hồ sơ quyết toán năm là ngày cuối cùng của tháng thứ 3 kể từ khi kết thúc năm tài chính — 31/3 với doanh nghiệp theo năm dương lịch — và hạn nộp tiền thuế cũng là ngày này. Nếu số đã tạm nộp thấp hơn số phải nộp theo quyết toán vượt biên độ cho phép, phần chênh bị tính tiền chậm nộp; tra biên độ và mức hiện hành trong văn bản đang hiệu lực. Tiền chậm nộp lâu nay tính 0,03%/ngày trên số thuế chậm nộp.

Với năm 2025, cái đổi là khâu chuẩn bị chứ không phải lịch:

• Làm lại bảng điều chỉnh chi phí không được trừ theo danh mục của luật mới.
• Chốt mức thuế suất áp dụng trước kỳ tạm nộp đầu tiên của năm sau, đừng để tới lúc quyết toán.
• Đối chiếu doanh thu giữa sổ cái, hoá đơn điện tử đã xuất và tiền về ngân hàng; lệch ở đây là câu hỏi đầu tiên khi bị kiểm tra.
• Giữ đủ giấy tờ làm việc. Chứng từ kế toán dùng trực tiếp để ghi sổ và lập báo cáo tài chính phải lưu ít nhất 10 năm theo Luật Kế toán.

Có một khoản bớt đi: lệ phí môn bài đã bãi bỏ từ 1/1/2026 theo Nghị quyết 198/2025/QH15, không còn phải theo dõi tờ khai lệ phí môn bài hằng năm.

Tự kiểm tra ở đâu

Không cần thuê tư vấn mới biết cơ quan thuế đang ghi nhận gì về công ty mình. Ba chỗ sau là đủ cho phần lớn việc:

• Trang tra cứu thông tin người nộp thuế của cơ quan thuế: trạng thái đăng ký và cơ quan thuế quản lý, tra bằng mã số thuế.
• Tài khoản thuế điện tử của doanh nghiệp: tờ khai đã nộp, số tiền đã ghi nhận và các khoản hệ thống đang coi là còn phải nộp. Ứng dụng thuế trên điện thoại cho xem phần lớn thông tin này.
• Cơ quan thuế quản lý trực tiếp. Từ 1/7/2025 cả nước có 34 tỉnh, thành phố, không còn cấp huyện; bộ máy thuế gồm ba cấp: Cục Thuế — Thuế tỉnh, thành phố — Thuế cơ sở. Trang tra cứu người nộp thuế ghi rõ cơ quan thuế quản lý; xác nhận đúng nơi trước khi gửi công văn.

Nếu số liệu trên hệ thống lệch sổ sách — khoản nộp chưa được ghi nhận, tờ khai bị thiếu — nên xử lý trước khi quyết toán. Giải trình trong tháng 3 dễ hơn nhiều so với giải trình khi bị kiểm tra hai năm sau.