Doanh nghiệp Việt Nam có thu nhập ở nước ngoài: khấu trừ thuế đã nộp ở nước ngoài và chứng minh cư trú tại Việt Nam

Doanh nghiệp Việt Nam có thu nhập ở nước ngoài — viết phần mềm cho khách nước ngoài, dịch vụ kỹ thuật, phí cấp phép, lãi cho công ty liên kết ở nước ngoài vay — nộp thuế TNDN tại Việt Nam trên khoản đó như một phần lợi nhuận toàn cầu. Nước của khách hàng cũng có thể đánh thuế, thường bằng cách khấu trừ một tỷ lệ trên mỗi lần thanh toán. Có hai công cụ giảm đánh thuế hai lần: giấy chứng nhận cư trú của Việt Nam, để khách hàng áp mức hoặc miễn theo hiệp định ngay tại nguồn, và khấu trừ thuế đã nộp ở nước ngoài khi quyết toán thuế TNDN tại Việt Nam, trong giới hạn nhất định.

Cả hai đều phụ thuộc giấy tờ chuẩn bị đúng lúc. Giấy chứng nhận cư trú về sau khi khách đã khấu trừ theo mức đầy đủ của nước họ buộc phải đi xin hoàn thuế ở nước ngoài, chậm và có khi không làm được. Đề nghị khấu trừ thuế nước ngoài mà không có chứng từ khấu trừ của khách hàng thì rất yếu. Bài này viết cho số doanh nghiệp gia công, phần mềm, kỹ thuật, thương mại có khách nước ngoài ngày càng đông, và cho các tập đoàn FDI có công ty con tại Việt Nam cung cấp dịch vụ cho cả tập đoàn.

Hai lớp giảm thuế

Lớp thứ nhất luôn có lợi hơn vì tiền không phải đi ra ngay từ đầu. Lớp thứ hai xử lý phần còn lại — thuế mà hiệp định vẫn cho nước nguồn đánh, hoặc thuế bị khấu trừ ở nước không có hiệp định.

Phần TNDN dựa trên Luật 67/2025/QH15, áp dụng từ kỳ tính thuế 2025, đánh thuế doanh nghiệp Việt Nam trên thu nhập ở nước ngoài và cho khấu trừ thuế đã nộp ở nước ngoài. Thủ tục cấp giấy chứng nhận cư trú và các việc về hiệp định theo Luật Quản lý thuế 38/2019/QH14; mẫu biểu lâu nay nằm ở Thông tư 80/2021/TT-BTC, và cần kiểm phiên bản hiện hành trong hướng dẫn năm 2026 — Nghị định 252/2026/NĐ-CP và Thông tư 89/2026/TT-BTC.

Xin giấy chứng nhận cư trú của Việt Nam

Doanh nghiệp Việt Nam đề nghị cấp giấy chứng nhận cư trú tại cơ quan thuế quản lý, ghi rõ nước ký hiệp định, loại thu nhập và kỳ cần chứng nhận. Khách hàng nước ngoài và cơ quan thuế nước họ thường muốn giấy theo một mẫu nhất định, có khi theo mẫu của chính họ, có khi cần hợp pháp hoá. Trước khi nộp:

• Hỏi khách hàng cơ quan thuế nước họ chấp nhận mẫu nào, cho kỳ nào, và phải nhận trước ngày nào để áp hiệp định ngay khi thanh toán.
• Kiểm xem nước khách hàng có yêu cầu mẫu đề nghị riêng phải được cơ quan thuế Việt Nam ký, đóng dấu ngoài giấy chứng nhận không.
• Xác nhận cơ quan thuế quản lý trên trang tra cứu thông tin người nộp thuế; từ 1/7/2025 bộ máy thuế ba cấp trên 34 tỉnh, thành phố, nộp nhầm nơi sẽ bị trả lại.
• Tính trước việc xin lại. Giấy chứng nhận cấp theo kỳ, hợp đồng dài cần giấy mới mỗi năm.

Soạn hợp đồng để hiệp định chạy được tại nguồn

Phần lớn rắc rối thuế khấu trừ ở nước ngoài bắt đầu từ hợp đồng. Ba điều khoản giúp ích:

1. Điều khoản thuế. Ghi rõ giá đã gồm hay chưa gồm thuế khấu trừ ở nước ngoài. Doanh nghiệp Việt Nam nhận giá đã gồm thuế thì tự chịu phần khách khấu trừ; giá "net" thì khách chịu.
2. Điều khoản phối hợp. Khách đồng ý áp mức hiệp định khi doanh nghiệp Việt Nam cung cấp giấy chứng nhận cư trú và mẫu biểu cần thiết trước một ngày cố định, và gửi chứng từ khấu trừ thuế cho mọi khoản họ đã khấu trừ.
3. Mô tả dịch vụ. Mô tả dịch vụ chính xác. Một số hiệp định xử lý phí kỹ thuật, tư vấn khác lợi tức doanh nghiệp, mô tả mơ hồ dễ khiến khách khấu trừ theo mức cao hơn.

Doanh nghiệp Việt Nam cũng nên kiểm hoạt động của chính mình ở nước ngoài có tạo cơ sở thường trú ở nước khách hàng không — ví dụ một nhóm làm việc tại văn phòng khách trong thời gian dài. Có cơ sở thường trú ở nước ngoài thì cả thuế ở nước ngoài lẫn cách tính khấu trừ ở Việt Nam đều thay đổi.

Khấu trừ thuế đã nộp ở nước ngoài khi quyết toán tại Việt Nam

Khi quyết toán thuế TNDN năm, doanh nghiệp Việt Nam đưa thu nhập ở nước ngoài vào thu nhập chịu thuế và đề nghị khấu trừ số thuế đã nộp ở nước ngoài trên khoản đó. Về nguyên tắc:

• Chỉ khấu trừ thuế thu nhập thực nộp ở nước ngoài trên khoản thu nhập cũng chịu thuế ở Việt Nam — không phải thuế GTGT, thuế doanh thu hay phí bị giữ lại ở nước ngoài.
• Số được khấu trừ thường không vượt số thuế TNDN Việt Nam phải nộp trên chính khoản thu nhập đó; phần thuế nước ngoài vượt mức này không được hoàn ở Việt Nam.
• Cần chứng từ đã nộp: chứng từ khấu trừ hoặc biên lai thuế của nước ngoài, hợp đồng, hoá đơn và giấy báo có của ngân hàng với số tiền thực nhận.
• Hiệp định cho phép mức thấp hơn ở nước ngoài mà doanh nghiệp không đề nghị áp dụng thì phần vượt có thể bị đặt câu hỏi khi khấu trừ; nên áp hiệp định tại nguồn trước.

Tra hướng dẫn thuế TNDN hiện hành về điều kiện, cách tính và hồ sơ cụ thể. Hạn quyết toán là ngày cuối cùng của tháng thứ 3 kể từ khi kết thúc năm tài chính theo Luật Quản lý thuế — 31/3 với doanh nghiệp theo năm dương lịch — nên việc gom chứng từ khấu trừ của khách nước ngoài phải bắt đầu từ trước khi hết năm. NganhThue.com có bài về cách đọc điều khoản xoá bỏ đánh thuế hai lần khi đã nộp thuế ở nước ngoài.

Thuế GTGT và hoá đơn với dịch vụ xuất khẩu

Hiệp định không áp cho thuế GTGT, nên phần GTGT chỉ theo Luật 48/2024/QH15. Thuế GTGT có ba mức 0%, 5% và 10%; mức 0% áp cho hàng hoá, dịch vụ xuất khẩu đáp ứng điều kiện của luật và hướng dẫn, trong đó có yêu cầu về hợp đồng, khách hàng nước ngoài và thanh toán qua ngân hàng. Dịch vụ không đủ điều kiện xuất khẩu — chẳng hạn vì được tiêu dùng tại Việt Nam — thì áp mức thông thường.

Dịch vụ xuất khẩu vẫn xuất hoá đơn điện tử Việt Nam, nay theo Nghị định 254/2026/NĐ-CP về hoá đơn, chứng từ điện tử và Thông tư 91/2026/TT-BTC từ 1/7/2026. Giữ hợp đồng xuất khẩu, hoá đơn điện tử và giấy báo có cùng một chỗ; chúng hỗ trợ cả mức thuế suất 0% lẫn phần khấu trừ thuế nước ngoài.

Trung tâm dịch vụ tại Việt Nam trong tập đoàn nước ngoài

Nhiều doanh nghiệp FDI tại Việt Nam nay chủ yếu làm cho chính tập đoàn: trung tâm phát triển phần mềm, trung tâm kỹ thuật, trung tâm dịch vụ kế toán và hỗ trợ. Doanh thu đến từ các công ty trong tập đoàn ở nước ngoài, và những công ty này có thể khấu trừ thuế trên phí dịch vụ ở nước mình. Hai lớp giảm thuế vẫn như trên — giấy chứng nhận cư trú tại nguồn, khấu trừ thuế nước ngoài ở Việt Nam — cộng thêm hai điểm. Một, phí này là giao dịch liên kết, nên giá phải theo nguyên tắc giao dịch độc lập và có hồ sơ theo quy định về giao dịch liên kết; Nghị định 255/2026/NĐ-CP về quản lý thuế đối với doanh nghiệp có giao dịch liên kết áp dụng từ 1/7/2026. Hai, nhiều công ty trong tập đoàn ở các nước khác nhau có thể khấu trừ theo các hiệp định khác nhau, nên việc theo dõi giấy chứng nhận và chứng từ khấu trừ phải làm theo từng công ty trả tiền, không gộp theo tập đoàn.

Một ví dụ

Ví dụ giả định. Giả sử một công ty phần mềm ở Đà Nẵng ký hợp đồng phát triển với khách hàng ở nước có hiệp định. Luật nước khách yêu cầu khấu trừ trên khoản trả dịch vụ cho nhà cung cấp nước ngoài, nhưng hiệp định coi phí này là lợi tức doanh nghiệp, chỉ chịu thuế ở Việt Nam nếu công ty không có cơ sở thường trú ở nước kia. Công ty xin giấy chứng nhận cư trú Việt Nam trước hoá đơn đầu tiên, gửi kèm mẫu đề nghị của khách. Khách trả đủ, không khấu trừ. Công ty xuất hoá đơn thuế suất 0% cho dịch vụ xuất khẩu, đáp ứng điều kiện thanh toán qua ngân hàng, lưu giấy chứng nhận, hợp đồng, hoá đơn, giấy báo có trong một bộ hồ sơ.

Đổi một dữ kiện: giấy chứng nhận về muộn ba tháng. Khách đã khấu trừ trên ba hoá đơn đầu. Công ty có thể nhờ khách xin hoàn ở nước họ, hoặc đề nghị khấu trừ thuế nước ngoài tại Việt Nam cho số thực bị khấu trừ, kèm chứng từ khấu trừ — nhưng phần khấu trừ có thể bị đặt câu hỏi vì hiệp định đã có sẵn mà không dùng kịp. Cách rẻ nhất là có giấy chứng nhận sớm hơn.

Tự kiểm tra ở đâu

Trang tra cứu thông tin người nộp thuế xác nhận cơ quan thuế quản lý và tình trạng đăng ký — khách hàng nước ngoài đôi khi hỏi xem. Tài khoản thuế điện tử của doanh nghiệp cho thấy tờ khai quyết toán TNDN và các văn bản liên quan tới giấy chứng nhận cư trú. Văn bản hiệp định do Bộ Tài chính và cơ quan thuế công bố; đọc điều khoản xoá bỏ đánh thuế hai lần và điều khoản ứng với loại thu nhập của mình trong hiệp định với nước của từng khách hàng.