Chuyển nhượng vốn trong công ty Việt Nam: thu nhập tính thuế TNDN thế nào và ai phải kê khai

Khi một doanh nghiệp bán toàn bộ hoặc một phần vốn trong công ty Việt Nam, thu nhập từ việc bán đó chịu thuế thu nhập doanh nghiệp (TNDN). Với bên bán là doanh nghiệp Việt Nam, phần lãi — giá bán trừ giá vốn của phần vốn và chi phí chuyển nhượng — chịu thuế theo quy định TNDN. Với bên bán là doanh nghiệp nước ngoài không hiện diện tại Việt Nam, thuế vẫn phát sinh tại Việt Nam vì tài sản được bán là một công ty Việt Nam, và luật TNDN mới — Luật 67/2025/QH15, áp dụng từ kỳ tính thuế 2025 — đã đặt cách tính riêng cho trường hợp này. Phương pháp và thuế suất với bên bán nước ngoài phải tra trong văn bản hiện hành, không suy ra từ quy định cũ.

Câu hỏi thứ hai — ai kê khai — quan trọng không kém câu thứ nhất. Nghĩa vụ kê khai thuộc về một bên tại Việt Nam, và giao dịch còn làm thay đổi đăng ký đầu tư, đăng ký doanh nghiệp của công ty mục tiêu. Bên mua, bên bán và công ty mục tiêu đều có lý do để chốt vị thế thuế trước khi tiền được chuyển. Bài này nêu nguyên tắc; chi tiết phụ thuộc cấu trúc từng thương vụ.

Thế nào là chuyển nhượng vốn

Quy định bao trùm việc chuyển nhượng phần vốn góp trong công ty trách nhiệm hữu hạn, chuyển nhượng cổ phần trong công ty cổ phần và phần sở hữu tương tự ở loại hình doanh nghiệp khác. Quy định cũng chạm tới một số sắp xếp làm đổi chủ sở hữu mà thoạt nhìn không giống giao dịch bán:

• Bán một phần vốn, không chỉ thoái toàn bộ.
• Chuyển nhượng giữa các công ty trong cùng tập đoàn — không được miễn chỉ vì sở hữu vẫn nằm trong tập đoàn.
• Thanh toán bằng tài sản khác tiền, như cổ phần của bên mua.
• Một số giao dịch diễn ra ở nước ngoài nhưng làm thay đổi chủ sở hữu cuối cùng của công ty Việt Nam. Luật mới và văn bản hướng dẫn có đề cập chuyển nhượng gián tiếp; một giao dịch cụ thể ở nước ngoài có thuộc diện hay không tuỳ quy định, nên đặt câu hỏi sớm khi tái cấu trúc tập đoàn.

Cổ phiếu của công ty niêm yết, công ty đại chúng giao dịch trên thị trường chứng khoán theo chế độ riêng. Với cá nhân, thuế chuyển nhượng chứng khoán là 0,1% trên giá bán; doanh nghiệp bán cổ phiếu niêm yết cần tra phương pháp áp dụng cho mình.

Xác định phần chịu thuế với bên bán là doanh nghiệp Việt Nam

Ví dụ giả định. Giả sử một công ty Việt Nam đã mua 30% vốn của một công ty Việt Nam khác với giá 60 tỷ đồng, nay bán lại với giá 90 tỷ đồng, trả 1 tỷ đồng phí tư vấn. Thu nhập là 90 − 60 − 1 = 29 tỷ đồng. Nếu phần thu nhập này chịu thuế suất 20% của bên bán, thuế TNDN là 5,8 tỷ đồng. Có được bù trừ với lỗ của hoạt động khác hay không do luật quy định; kiểm tra trước khi mặc định là được.

Bên bán là doanh nghiệp nước ngoài: phương pháp đã thay đổi

Doanh nghiệp nước ngoài bán phần vốn trong công ty Việt Nam và không có cơ sở thường trú tại Việt Nam vẫn chịu thuế tại Việt Nam trên thu nhập đó. Theo quy định trước đây, cách tính dựa trên phần lãi. Luật 67/2025/QH15 đặt một phương pháp riêng cho bên bán nước ngoài trong trường hợp này. Bài không nêu thuế suất hay căn cứ tính: hãy đọc luật hiện hành và văn bản hướng dẫn, hoặc đề nghị đơn vị tư vấn xác nhận bằng văn bản cho giao dịch cụ thể.

Ba điểm thực tế đúng với mọi phương pháp:

• Hiệp định thuế có thể liên quan. Một số hiệp định tránh đánh thuế hai lần phân chia quyền đánh thuế với thu nhập từ chuyển nhượng khác luật trong nước. Ưu đãi theo hiệp định không tự động có; phải làm thủ tục theo quy định quản lý thuế, kèm giấy chứng nhận cư trú.
• Chứng cứ giá vốn vẫn quan trọng ở bất kỳ chỗ nào cách tính dựa vào nó, và cho nghĩa vụ thuế của bên bán tại nước họ.
• Tỷ giá. Khi giá thoả thuận bằng ngoại tệ, việc quy đổi ra đồng Việt Nam để tính thuế theo quy định của thời điểm liên quan. Ghi trong hợp đồng bên nào chịu thuế và quy đổi theo cách nào.

Ai kê khai, khi nào

Nghĩa vụ kê khai, nộp thuế chuyển nhượng vốn thuộc về một bên tại Việt Nam, và quy định xác định bên nào tuỳ cấu trúc — chính bên bán nếu là doanh nghiệp Việt Nam, và với bên bán nước ngoài là một bên như bên mua hoặc công ty Việt Nam có vốn được chuyển nhượng. Chốt ba câu hỏi trước khi ký:

1. Ai kê khai? Ghi rõ trong hợp đồng mua bán phần vốn, phù hợp quy định.
2. Hạn nào? Với bên bán nước ngoài, việc khai thuế chuyển nhượng vốn làm theo từng lần phát sinh, với thời hạn gắn với giao dịch; doanh nghiệp Việt Nam bán vốn thường đưa thu nhập vào tờ khai của mình. Xác nhận thời hạn theo quy định quản lý thuế hiện hành — từ 1/7/2026 là Nghị định 252/2026/NĐ-CP và Thông tư 89/2026/TT-BTC.
3. Ai nộp, lấy tiền từ đâu? Nếu bên mua trả đủ tiền ở nước ngoài rồi bên bán không còn liên lạc, bên tại Việt Nam có nghĩa vụ kê khai sẽ bị phơi ra. Giữ lại một phần tiền hay dùng tài khoản ký quỹ tồn tại chính vì lý do này.

Việc đăng ký chạy song song: công ty mục tiêu cập nhật đăng ký doanh nghiệp và, khi cần, đăng ký đầu tư. Cơ quan thuế thấy các thay đổi này, nên đổi đăng ký mà không có tờ khai thuế tương ứng là điều rất dễ bị để ý.

Phía bên mua: lịch sử thuế ở lại với công ty

Trong giao dịch mua cổ phần, phần vốn, bên mua nhận cả công ty lẫn lịch sử thuế của nó. Thuế GTGT nộp thiếu ba năm trước, khoản phí quản lý bị loại, ưu đãi hưởng khi chưa đủ điều kiện — tất cả vẫn là nghĩa vụ của công ty mục tiêu sau khi bán, và một đợt kiểm tra có thể chạm tới các kỳ trước rất xa ngày bên mua bước vào. Vì vậy rà soát thuế một công ty Việt Nam thường xoáy vào vài câu hỏi:

• Tờ khai có khớp hoá đơn điện tử và tài khoản thuế điện tử không, có thông báo chưa trả lời hay số còn nợ không?
• Ưu đãi có căn cứ trên giấy chứng nhận đầu tư và được hạch toán tách riêng đúng cách không?
• Phí nội bộ tập đoàn và khoản vay liên kết có hồ sơ đầy đủ không?
• Các lần đổi chủ sở hữu trước đây đã được kê khai và nộp thuế chưa?

Các phát hiện được xử lý qua giá, cam kết bảo đảm và điều khoản bồi hoàn trong hợp đồng mua bán. Những điều khoản đó không làm thay đổi nghĩa vụ của công ty mục tiêu với cơ quan thuế; chúng chỉ quyết định bên mua hay bên bán chịu chi phí.

Giá, bên liên kết và những điều không nên làm

Cơ quan thuế có thể ấn định giá chuyển nhượng khi giá không phản ánh giá thị trường — nhất là giữa các bên liên kết, hoặc khi giá thấp hơn nhiều so với giá trị tài sản thuần của công ty. Tập đoàn tái cấu trúc nội bộ nên lưu căn cứ vì sao giá được chọn là phù hợp, thường là một chứng thư định giá.

Hai cách làm gây ra phần lớn tranh chấp và nên tránh hẳn:

• Ghi giá trên hợp đồng tại Việt Nam thấp hơn giá thực trả, phần chênh thanh toán ở nơi khác. Ngoài hệ quả về thuế, dòng tiền qua tài khoản vốn đầu tư trực tiếp theo quy định quản lý ngoại hối thường làm lộ giá thật.
• Biến chuyển nhượng thành "giảm vốn rồi góp vốn mới" hay một hình thức khác chỉ để né quy định chuyển nhượng, không có lý do kinh doanh thật. Bản chất giao dịch sẽ được xem xét.

Một giao dịch sạch ghi đúng giá, thanh toán qua đúng tài khoản, kê khai đúng hạn và lưu đủ hồ sơ.

Bảng kiểm cho công ty mục tiêu

• Lấy hợp đồng chuyển nhượng và xác nhận bên nào kê khai thuế, hạn nào.
• Cập nhật đăng ký doanh nghiệp, đăng ký đầu tư, kiểm tra thông tin đăng ký thuế được cập nhật theo.
• Nếu công ty mục tiêu có vai trò kê khai, thu đủ tài liệu: hợp đồng, chứng cứ giá vốn, chứng từ thanh toán, hồ sơ hiệp định nếu đề nghị áp dụng hiệp định.
• Kiểm tra trang tra cứu thông tin người nộp thuế sau khi thay đổi, và tài khoản thuế điện tử của công ty mục tiêu với tờ khai, khoản nộp mang tên mình.
• Lưu trọn bộ hồ sơ. Chứng từ kế toán dùng trực tiếp để ghi sổ và lập báo cáo tài chính phải lưu ít nhất 10 năm theo Luật Kế toán, và lịch sử vốn sẽ bị hỏi lại ở mọi giao dịch sau.