Khi nhà đầu tư nước ngoài đã có giấy chứng nhận đăng ký đầu tư và giấy chứng nhận đăng ký doanh nghiệp cho công ty tại Việt Nam, công ty đã tồn tại và đã có mã số thuế — chính là mã số doanh nghiệp. Cái chưa có là hạ tầng thuế, kế toán để mua hàng, bán hàng, trả lương và nộp tờ khai. Phần thiết lập này là một danh sách ngắn các việc đăng ký và quyết định, phần lớn phụ thuộc lẫn nhau.
Chủ đầu tư nước ngoài hay coi giai đoạn này là thủ tục và giao hết cho đơn vị làm hồ sơ thành lập. Một phần đúng là thủ tục. Nhưng vài lựa chọn trong mấy tháng đầu — đồng tiền ghi sổ, năm tài chính, cách lưu hồ sơ ưu đãi, ai giữ chữ ký số — đổi về sau rất tốn kém. Bài này nêu thứ tự và đánh dấu những quyết định thuộc về chủ sở hữu.
Giấy chứng nhận cho gì và chưa cho gì
Với doanh nghiệp, mã số doanh nghiệp đồng thời là mã số thuế, và hồ sơ đăng ký doanh nghiệp đã gắn nó với một cơ quan thuế quản lý. Tra ngay cả hai trên trang tra cứu thông tin người nộp thuế: tên, địa chỉ, trạng thái và cơ quan thuế ở đó là thông tin sẽ in trên mọi hoá đơn, tờ khai. Có gì sai thì sửa đăng ký lúc này đơn giản hơn nhiều so với sửa chứng từ về sau.
Giấy chứng nhận không mở tài khoản ngân hàng, không đăng ký chữ ký số, không tạo tài khoản thuế điện tử, không chọn chế độ kế toán, cũng không đăng ký hoá đơn điện tử. Mỗi việc là một bước riêng, và khi chưa xong thì công ty chưa thể trả tiền nhà cung cấp hay lập hoá đơn cho khách một cách đúng quy định.
Lưu ý về bản đồ hành chính: từ 1/7/2025 cả nước còn 34 tỉnh, thành phố, bỏ cấp huyện, và bộ máy thuế gồm ba cấp — Cục Thuế, Thuế tỉnh, thành phố, và Thuế cơ sở. Công ty đăng ký trước mốc này có thể thấy cơ quan thuế quản lý hiện nay khác với tên trên các văn bản đầu tiên.
Dòng tiền vào: tài khoản ngân hàng và góp vốn
Doanh nghiệp FDI thường mở tài khoản vốn đầu tư trực tiếp tại một ngân hàng được phép ở Việt Nam. Vốn góp của nhà đầu tư nước ngoài đi vào qua tài khoản này, lợi nhuận và vốn sau này cũng đi ra qua đây. Các tài khoản thanh toán bằng đồng Việt Nam, và ngoại tệ nếu cần, dùng cho giao dịch hằng ngày.
Ba điểm liên quan tới thuế:
- Góp vốn đúng hạn và đúng tài khoản. Thời hạn theo pháp luật doanh nghiệp và giấy chứng nhận đăng ký; tiền đi đường khác thì khó chứng minh là vốn góp.
- Giữ bằng chứng nguồn tiền. Giấy báo có ghi rõ nhà đầu tư nước ngoài là người chuyển, khớp với vốn đăng ký, sẽ cần lại khi chuyển lợi nhuận về nước hay bán phần vốn.
- Không dùng vốn trả chi phí của công ty mẹ. Chi phí phát sinh vì lợi ích của công ty mẹ không phải chi phí được trừ của công ty con, dù trả bằng cách nào.
Trả tiền nhà cung cấp từ tài khoản công ty ngay từ đầu. Theo Luật 48/2024/QH15, hoá đơn mua vào từ 5 triệu đồng trở lên phải có chứng từ thanh toán không dùng tiền mặt mới được khấu trừ thuế GTGT đầu vào, và thói quen những tháng đầu thường ở lại rất lâu.
Chữ ký số, tài khoản thuế điện tử và hoá đơn điện tử
Chữ ký số của công ty do tổ chức cung cấp dịch vụ chứng thực cấp theo mã số thuế. Có chữ ký số, công ty đăng ký tài khoản thuế điện tử trên cổng của cơ quan thuế — kênh nộp tờ khai, nộp thuế và nhận thông báo — và đăng ký sử dụng hoá đơn điện tử.
Hai quyết định của chủ sở hữu nằm ở đây. Một, ai ở Việt Nam giữ chữ ký số, theo quy định bằng văn bản nào; chữ ký số dùng để ký tờ khai và hoá đơn, để nó chỉ nằm trong tay đơn vị làm hồ sơ thành lập hay trung tâm tài chính khu vực là một lỗ hổng kiểm soát. Hai, email nào đăng ký nhận thông báo; nên là hộp thư chung của bộ phận tài chính, không mất đi khi nhân sự thay đổi.
Đăng ký hoá đơn điện tử có trình tự riêng — chọn đơn vị cung cấp, nộp đăng ký, chạy thử, xuất hoá đơn đầu tiên — và nên bắt đầu ngay trong những tuần đầu, vì chưa được chấp nhận đăng ký thì chưa lập được hoá đơn nào.
Những quyết định kế toán khó đảo ngược
| Quyết định | Vì sao quan trọng |
|---|---|
| Đồng tiền ghi sổ | Mặc định là đồng Việt Nam. Có thể ghi sổ bằng ngoại tệ nếu đáp ứng điều kiện, nhưng báo cáo tài chính và hồ sơ thuế vẫn cần số liệu bằng đồng Việt Nam. Quy đổi hằng tháng thêm việc và thêm chênh lệch tỷ giá. |
| Năm tài chính | Thông lệ là năm dương lịch. Chọn theo năm tài chính của tập đoàn (kết thúc tháng 3 hay tháng 6) vẫn được, nhưng mọi hạn nộp năm dịch chuyển theo và kỳ thuế đầu tiên thành lẻ. |
| Chế độ kế toán, hệ thống tài khoản | Áp dụng chuẩn mực kế toán Việt Nam. Ánh xạ hệ thống tài khoản của tập đoàn sang hệ thống Việt Nam ngay khi thiết lập, đừng đợi tới lần kiểm toán đầu tiên. |
| Kế toán trưởng | Phải bổ nhiệm người đủ tiêu chuẩn làm kế toán trưởng hoặc phụ trách kế toán. Kiểm tiêu chuẩn trước khi cử người từ tập đoàn sang. |
| Lưu trữ chứng từ | Chứng từ kế toán dùng trực tiếp để ghi sổ và lập báo cáo tài chính lưu ít nhất 10 năm theo Luật Kế toán. Quyết định bản gốc — gồm cả tệp XML hoá đơn — sẽ nằm ở đâu. |
Doanh nghiệp có vốn đầu tư nước ngoài nhìn chung phải kiểm toán báo cáo tài chính năm bởi công ty kiểm toán độc lập. Chọn kiểm toán viên đủ sớm cho kỳ cuối năm đầu tiên; chọn muộn thì lịch quyết toán thuế TNDN lần đầu bị ép lại rất sát.
Những tờ khai và khoản nộp đầu tiên
Công ty mới có nghĩa vụ khai thuế từ kỳ tính thuế đầu tiên, kể cả khi chưa có doanh thu. Hạn nộp chung theo Luật Quản lý thuế như dưới đây; nên kiểm thêm Nghị định 252/2026/NĐ-CP và Thông tư 89/2026/TT-BTC hướng dẫn quản lý thuế từ 1/7/2026 xem có thay đổi gì không:
- Tờ khai tháng — chậm nhất ngày 20 của tháng sau;
- Tờ khai quý — chậm nhất ngày cuối cùng của tháng đầu quý sau;
- Quyết toán năm của tổ chức — chậm nhất ngày cuối cùng của tháng thứ 3 sau khi kết thúc năm tài chính.
Khai GTGT theo tháng hay theo quý tuỳ tình hình của công ty; doanh nghiệp mới nên xác nhận với cơ quan thuế quản lý thay vì tự đoán. Thuế TNDN tạm nộp trong năm và quyết toán cuối năm theo Luật 67/2025/QH15, áp dụng từ kỳ tính thuế 2025, thuế suất phổ thông 20%. Hai thay đổi có lợi cho doanh nghiệp mới: theo Nghị quyết 198/2025/QH15, lệ phí môn bài bị bãi bỏ từ 1/1/2026, và doanh nghiệp nhỏ và vừa thành lập mới có thể được miễn thuế TNDN 3 năm — cần kiểm công ty có đáp ứng điều kiện không trước khi tính vào kế hoạch.
Nộp chậm thì bị tính tiền chậm nộp theo ngày trên số thuế chậm nộp. Mức lâu nay là 0,03%/ngày; nên kiểm mức đang áp dụng. Bỏ lỡ tờ khai quý đầu tiên là cách rất hay gặp, và hoàn toàn tránh được, để một doanh nghiệp FDI mới mở hồ sơ với cơ quan thuế bằng một vết trừ điểm.
Tiền lương, chuyên gia nước ngoài và ưu đãi
Từ lần trả lương đầu tiên, công ty khấu trừ thuế TNCN và nộp tờ khai khấu trừ. Với nhân viên Việt Nam, số định danh cá nhân đã thay mã số thuế cá nhân từ 1/7/2025. Với giám đốc, chuyên gia nước ngoài, nghĩa vụ thuế tuỳ tình trạng cư trú và nơi trả lương; giám đốc nhận lương hoàn toàn từ nước ngoài vẫn thường có nghĩa vụ thuế ở Việt Nam nếu làm việc tại Việt Nam. Từ kỳ tính thuế 2026, giảm trừ gia cảnh cho bản thân là 15,5 triệu đồng/tháng, mỗi người phụ thuộc 6,2 triệu đồng/tháng, theo Nghị quyết 110/2025/UBTVQH15.
Nếu dự án thuộc diện ưu đãi thuế, điều kiện do luật đang hiệu lực và chính dự án quyết định. Lưu phân tích ưu đãi, giấy chứng nhận đầu tư và bằng chứng đáp ứng điều kiện — địa bàn, lĩnh vực, quy mô, thời điểm — trong một bộ hồ sơ ngay từ ngày đầu, và hạch toán riêng phần thu nhập được ưu đãi với phần không được. Ưu đãi bị soát lại ở mỗi lần quyết toán, mỗi lần kiểm tra; bộ hồ sơ gom lại sau nhiều năm luôn yếu hơn bộ hồ sơ lưu song song khi dự án đang xây.
Tự kiểm tra ở đâu
- Trang tra cứu thông tin người nộp thuế — tên, địa chỉ, trạng thái và cơ quan thuế quản lý của công ty.
- Tài khoản thuế điện tử của doanh nghiệp — các nghĩa vụ khai mà cơ quan thuế đã ghi nhận, tờ khai đã nộp, số đã nộp và thông báo.
- Cổng hoá đơn điện tử — đăng ký hoá đơn đã được chấp nhận chưa, hoá đơn đã xuất và đã nhận.
- Cơ quan thuế quản lý — xác nhận kỳ khai và các câu hỏi về đăng ký bằng văn bản.
Nếu người đại diện theo pháp luật của công ty là người nước ngoài, nên tìm hiểu riêng các trách nhiệm cá nhân đi kèm vai trò đó; xem các bài về người đại diện là người nước ngoài trên DaiDienPhapLuat.com.
Câu hỏi thường gặp
Mã số doanh nghiệp có phải là mã số thuế không?
Có. Với doanh nghiệp, mã số trên giấy chứng nhận đăng ký doanh nghiệp đồng thời là mã số thuế. Tra ngay trên trang tra cứu thông tin người nộp thuế khi vừa được cấp.
Còn phải nộp lệ phí môn bài không?
Không. Nghị quyết 198/2025/QH15 bãi bỏ lệ phí môn bài từ 1/1/2026.
Có ghi sổ kế toán bằng đô la Mỹ được không?
Có thể ghi sổ bằng ngoại tệ nếu đáp ứng điều kiện, nhưng báo cáo tài chính và hồ sơ thuế vẫn cần số liệu bằng đồng Việt Nam. Nên tính phần việc quy đổi phát sinh trước khi chọn.
Chưa có doanh thu thì có phải nộp tờ khai không?
Có. Nghĩa vụ khai bắt đầu từ kỳ tính thuế đầu tiên, tờ khai không phát sinh hoặc phát sinh ít vẫn phải nộp đúng hạn. Xác nhận kỳ khai với cơ quan thuế quản lý.
Doanh nghiệp FDI mới có được miễn thuế TNDN 3 năm như doanh nghiệp nhỏ mới thành lập không?
Nghị quyết 198/2025/QH15 miễn thuế TNDN 3 năm cho doanh nghiệp nhỏ và vừa thành lập mới. Công ty có thuộc diện không tuỳ điều kiện đang hiệu lực; kiểm trước khi đưa vào ngân sách.
Giám đốc do công ty mẹ ở nước ngoài trả lương thì công ty Việt Nam có phải làm gì không?
Nhiều khả năng có. Làm việc tại Việt Nam thường phát sinh nghĩa vụ thuế ở Việt Nam dù lương trả ở đâu, và công ty có thể có nghĩa vụ kê khai hoặc khấu trừ. Nên hỏi tư vấn trước khi giám đốc bắt đầu làm việc.
Có dùng hệ thống tài khoản của tập đoàn được không?
Được ánh xạ sang để báo cáo tập đoàn, nhưng sổ sách tại Việt Nam theo chuẩn mực kế toán Việt Nam. Dựng bảng ánh xạ ngay khi thiết lập, đừng đợi tới lần kiểm toán đầu.
