Khấu trừ thuế GTGT đầu vào: bộ phận công nợ phải kiểm gì trước khi hạch toán hoá đơn

Thuế GTGT đầu vào được khấu trừ khi đủ bốn điều kiện cùng lúc: hàng hoá, dịch vụ mua vào dùng cho hoạt động chịu thuế; có hoá đơn GTGT hợp pháp hoặc chứng từ nhập khẩu; hoá đơn từ 5 triệu đồng trở lên có chứng từ thanh toán không dùng tiền mặt; và hoá đơn được kê khai đúng. Các điều kiện này đến từ Luật Thuế GTGT số 48/2024/QH15, hiệu lực từ 1/7/2025, cùng nghị định hướng dẫn.

Luật không phải chỗ làm mất khấu trừ. Khấu trừ mất ở khâu công nợ phải trả: nhận hoá đơn ghi sai thông tin người mua, để người khác thanh toán thay, hay nhà cung cấp đổi trạng thái sau khi đã mua hàng. Các bước kiểm dưới đây nên làm ngay lúc hạch toán, khi vẫn còn đề nghị nhà cung cấp lập lại hoá đơn được.

Điều kiện một: hàng mua vào phục vụ hoạt động chịu thuế

Thuế đầu vào chỉ được khấu trừ trong phạm vi hàng hoá, dịch vụ mua vào dùng cho hoạt động có thuế GTGT, kể cả hoạt động 0%. Mua vào cho hoạt động không chịu thuế thì không được khấu trừ. Mua vào dùng chung cho cả hai thì phải phân bổ.

Với phần lớn doanh nghiệp FDI sản xuất, thương mại, điều kiện này đơn giản vì mọi thứ bán ra đều chịu thuế. Nó trở thành chuyện thật trong ba tình huống:

• Công ty vừa bán hàng chịu thuế vừa có thu nhập lãi tiền gửi, cho vay hoặc thu nhập không chịu thuế khác đáng kể.
• Công ty có mảng kinh doanh không chịu thuế — một số dịch vụ tài chính, giáo dục, y tế, tuỳ cách phân loại.
• Khoản chi mang tính cá nhân, như đồ mua cho nhân viên dùng riêng, vốn không phải đầu vào kinh doanh.

Khi phải phân bổ, quy định nêu cách làm; điểm xuất phát thường là tỷ lệ doanh thu chịu thuế trên tổng doanh thu. Lưu bảng tính mỗi kỳ và điều chỉnh lại cuối năm, đừng chọn một tỷ lệ rồi để yên trong ERP.

Điều kiện hai: hoá đơn hợp pháp hoặc chứng từ nhập khẩu

Mua trong nước thì chứng từ là hoá đơn điện tử Việt Nam lập theo quy định về hoá đơn — Nghị định 123/2020/NĐ-CP được sửa bởi Nghị định 70/2025/NĐ-CP, và từ 1/7/2026 là Nghị định 254/2026/NĐ-CP. Một tệp PDF đơn thuần, hoá đơn kiểu nước ngoài của nhà cung cấp trong nước hay phiếu thu đều không đủ. Hàng nhập khẩu dùng tờ khai hải quan và chứng từ nộp thuế GTGT khâu nhập khẩu.

Với mỗi hoá đơn điện tử, bộ phận công nợ nên kiểm:

1. Tên, địa chỉ, mã số thuế người mua khớp đúng đăng ký của công ty. Ghi tên tập đoàn hoặc địa chỉ cũ là lỗi hay gặp sau tái cấu trúc.
2. Nội dung, số lượng, đơn giá khớp đơn đặt hàng và hàng hoá, dịch vụ thực nhận.
3. Thuế suất đúng với mặt hàng, kể cả mức giảm tạm thời đang áp dụng trong kỳ.
4. Hoá đơn có trên cổng hoá đơn điện tử dưới mã số thuế của công ty. Tệp nhận được và dữ liệu trên hệ thống cơ quan thuế phải khớp nhau.

Sai chỗ nào thì đề nghị nhà cung cấp lập hoá đơn điều chỉnh hoặc thay thế theo đúng thủ tục. Không sửa tay lên bản gốc, không nhận thêm một hoá đơn trùng nội dung hoá đơn cũ.

Điều kiện ba: thanh toán không dùng tiền mặt với hoá đơn từ 5 triệu đồng

Luật 48/2024/QH15 yêu cầu chứng từ thanh toán không dùng tiền mặt với hoá đơn mua vào từ 5 triệu đồng trở lên. Mốc này thấp hơn luật cũ, nên quy trình dựng theo ngưỡng trước đây giờ có thể hở. Quy định nghe đơn giản nhưng là nguồn loại khấu trừ nhiều nhất.

Những chỗ doanh nghiệp FDI hay vấp:

• Ai trả tiền. Tiền nên đi từ tài khoản ngân hàng của chính công ty sang tài khoản nhà cung cấp. Công ty mẹ, công ty chị em hay nhân viên trả thay thì phải có thoả thuận rõ và khó bảo vệ hơn.
• Tách hoá đơn. Chia một lần mua thành nhiều hoá đơn dưới mốc rồi trả tiền mặt là tự mời cơ quan thuế soi đúng chỗ đó. Đừng làm.
• Bù trừ công nợ. Cấn trừ phải thu với phải trả, hay thanh toán qua bên thứ ba chỉ được coi là không dùng tiền mặt theo các hình thức quy định cho phép; lưu biên bản bù trừ và bảng đối chiếu.
• Mua trả chậm. Hoá đơn chưa thanh toán tại thời điểm kê khai là chuyện thời điểm, không mất ngay. Làm theo hướng dẫn hiện hành cho trường hợp đến hạn hợp đồng mà chưa thanh toán.

Điều kiện bốn: nhà cung cấp thực sự đang hoạt động

Hoá đơn chỉ vững bằng nhà cung cấp đứng sau nó. Trước khi trả tiền cho nhà cung cấp mới, và định kỳ với nhà cung cấp cũ, kiểm trạng thái mã số thuế trên trang tra cứu thông tin người nộp thuế. Hai trạng thái cần chú ý:

Trạng thái tự nó không chứng minh hoá đơn vô hiệu, và trạng thái bình thường cũng không chứng minh nhà cung cấp lành mạnh. Nhưng hoá đơn lập sau ngày nhà cung cấp ngừng hoạt động, từ một đơn vị cơ quan thuế không tìm thấy, là khởi đầu quen thuộc của một khoản khấu trừ bị loại. Tháng 7/2026 ngành thuế mở đợt làm sạch mã số thuế, danh sách rà soát tháng đó gồm 617.462 doanh nghiệp — trạng thái nhà cung cấp vì vậy thay đổi nhiều hơn bình thường. Ghi lại lần kiểm kèm ngày.

Kê khai khấu trừ: thời điểm và sửa sai

Thuế đầu vào kê khai vào kỳ nhận hoá đơn và đủ điều kiện. Hoá đơn bị bỏ sót thường vẫn kê khai được ở kỳ sau theo quy định hiện hành về khai bổ sung, không mất hẳn; tra thời hạn và thủ tục trong văn bản đang hiệu lực, lưu lại lý do bỏ sót.

Hai thói quen giữ khấu trừ sạch:

• Đối chiếu hằng tháng sổ mua hàng với danh sách hoá đơn dưới mã số thuế công ty trên cổng hoá đơn điện tử. Chênh lệch hoặc là hoá đơn chưa hạch toán (mất khấu trừ), hoặc là hoá đơn lạ (phải tìm hiểu).
• Gắn chứng từ thanh toán vào bảng kê. Mỗi hoá đơn từ 5 triệu đồng trở lên gắn số tham chiếu giao dịch ngân hàng. Khi cơ quan thuế hỏi, câu trả lời đã nằm sẵn trong hồ sơ.

Hàng nhập khẩu và dịch vụ mua từ nước ngoài

Hàng nhập khẩu được khấu trừ thuế GTGT đã nộp ở khâu hải quan khi có tờ khai và chứng từ nộp thuế. Lưu kèm hồ sơ mua hàng, đừng chỉ để trong hệ thống của bộ phận logistics; khi kiểm tra, người ta hỏi kế toán.

Dịch vụ mua của nhà cung cấp nước ngoài không có cơ sở chịu thuế tại Việt Nam thì công ty Việt Nam thường khấu trừ và nộp thay thuế GTGT theo quy định thuế nhà thầu. Số thuế này được khấu trừ sau khi đã nộp và đủ chứng từ. Khoản khấu trừ này hay bị quên vì chạy theo quy trình khác: ngân quỹ trả hoá đơn nước ngoài, bộ phận thuế khai thuế nhà thầu, không ai nối hai việc vào bảng kê GTGT.

Chi phí nhân viên: công tác, xăng xe, tiếp khách

Hồ sơ thanh toán công tác phí là nơi điều kiện hoá đơn và thanh toán gặp thói quen hằng ngày, và cũng là nơi nhiều khoản khấu trừ nhỏ rơi rớt. Công ty chỉ khấu trừ được thuế GTGT tiền khách sạn, vé máy bay nội địa, xăng xe của nhân viên khi hoá đơn điện tử lập cho công ty — tên và mã số thuế công ty, không phải tên nhân viên — và với khoản từ 5 triệu đồng trở lên, chứng minh được tiền đi từ công ty bằng hình thức không dùng tiền mặt.

• Dặn nhân viên trước chuyến đi xin hoá đơn điện tử mang tên công ty lúc trả phòng, để sẵn mã số thuế trên thẻ hoặc trong điện thoại. Vài tuần sau mới nhờ bên bán lập lại thì chậm, có khi không được.
• Thẻ công ty làm dòng tiền rõ ràng. Hoàn tiền cho nhân viên đã trả bằng thẻ cá nhân hoặc tiền mặt khiến khoản lớn khó đáp ứng điều kiện thanh toán.
• Chuyên gia nước ngoài hay nghĩ biên lai tiếng Anh của chuỗi khách sạn quốc tế là đủ. Để khấu trừ tại Việt Nam, cái được tính là hoá đơn điện tử Việt Nam lập cho công ty.
• Tiếp khách nên ghi rõ mục đích công việc trong hồ sơ; chi phí đó có được trừ khi tính thuế TNDN là phép thử riêng, khác với chuyện thuế GTGT có được khấu trừ.

Nếu phần mềm công tác phí không lưu được tệp hoá đơn điện tử cùng số tham chiếu thẻ, sửa việc đó trước. Các bước kiểm ở trên chỉ chạy được khi chứng từ tới được tay bộ phận công nợ.

Tự kiểm tra ở đâu

Cổng hoá đơn điện tử cho xem mọi hoá đơn lập cho mã số thuế công ty. Trang tra cứu thông tin người nộp thuế để kiểm trạng thái nhà cung cấp. Tài khoản thuế điện tử để xác nhận tờ khai GTGT đã nộp và số thuế còn được khấu trừ chuyển kỳ sau. Nếu số chuyển kỳ trên hệ thống cơ quan thuế lệch sổ sách, tìm nguyên nhân trước lần đề nghị hoàn thuế hoặc lần kiểm tra kế tiếp.